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琉球嶼的基盤岩體泥岩原本在深海堆積 ， 與古亭坑泥岩應有相當密切的關係 ， 在上新世晚近(近二百萬年前)到更新世早期(二百萬年前以後不久)隆起到海平面下20-30m深度附近開始接受附近的一些珊瑚碎屑或貝類遺骸的停積 ， 令軟質易成混水的泥質海底漸呈硬質海底 ， 致令海水不再混濁至已有珊瑚礁開始在此海底表面生長造礁並覆蓋整個已為近乎硬質的海底 ， 這就是為琉球嶼珊瑚礁石灰岩堆積構建了基本的雛型。
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